Spesifikasi khamir dan faktor-faktor lingkungannya
Istilah khamir umumnya digunakan untuk bentuk-bentuk yang menyerupai jamur dari kelompok Ascomycetes yang tidak berfilamen tetapi uniseluler berbentuk ovoid atau spheroid.
Khamir ada yang bermanfaat ada pula yang membahayakan bagi manusia. Fermentasi khamir banyak digunakan dalam pembuatan roti, bir, wine, vinegar dan sebagainya. Khamir yang tidak diinginkan adalah yang pada makanan dan menyebabkan kerusakan pada saurkraut, juice buah, sirup, molase, madu, jelly, daging dan sebagainya.

Karakteristik Umum Khamir
Khamir dapat diklasifikasikan berdasar pada karakteristik morfologinya namun demikian sifat fisiologi juga dipentingkan bagi para ahli mikrobiologi pangan.

Karakteristik morfologi khamir dideterminasi menggunakan uji mikroskopis:
a. Bentuk dan Struktur
Bentuk khamir dapat sperikal sampai ovoid, kadang dapat membentuk miselium semu. Ukuran juga bervariasi. Struktur yang dapat diamati meliputi dinding sel, sitoplasma, vakuol air, globula lemak dan granula.
b. Reproduksi
Kebanyakan khamir melakukan reproduksi secara aseksual melalui pembentukan tunas secara multilateral ataupun polar. Reproduksi secara seksual menghasilkan askospora melalui konjugasi dua sel atau konjugasi dua askospora yang menghasilkan sel anakan kecil. Jumlah spora dalam askus bervariasi tergantung macam khamirnya.

Karakteristik Kultur
Khamir dapat membentuk lapisan film di atas permukaan medium cair. Produksi pigmen karotenoid menandakan adanya pertumbuhan genus Rhodotorula. Sulit membedakan antara khamir dengan bakteri pada medium agar, kecuali dengan mikroskop. Koloni khamir yang masih muda biasanya lembab dan sering berlendir dengan warna putih beberapa berwarna merah muda.
Khamir ada yang bersifat oksidatif, fermentatif ataupun keduanya. Khamir yang oksidatif dapat tumbuh dengan membentuk lapisan film pada permukaan medium cair sedang yang fermentatif biasanya tumbuh dalam cairan medium.

Produk bioindustri dan khamir yang terlibat

Pembuatan Bir
Khamir merupakan elemen paling penting dalam pembuatan bir. Siklus hidup khamir ini melalui dua tahap:
a. Tahap Reproduksi Dengan Oksigen (Aerob)
Tahap pertama ini adalah tahap reproduksi di mana khamir menggunakan oksigen, nutrien dan energi untuk penggandaan atau pembentukan tunas. Pertunasan akan terjadi setiap 4 – 60 jam tergantung dari strain khamir. Jika sejumlah kecil sel dimasukkan dalam bahan bir atau wine maka akan mengadakan penggandaan sampai jumlah yang cukup untuk mengubah gula menjadi alkohol dalam tahap kedua.
Hal yang penting dalam tahap ini adalah berkurangnya oksigen dan meningkatnya keasaman (penurunan pH). Kedua perubahan ini akan merusak 5% bakteri yang ada. Bakteri dapat menggandakan diri lebih cepat setiap 20 menit. Oleh sebab itu penting untuk menguranginya pada tahap awal.

b. Tahap Produksi Alkohol Tanpa Oksigen (Anaerob)
Tahap kedua secara efektif dimulai ketika oksigen telah digunakan oleh khamir dan khamir menggunakan gula (maltosa, glukosa, fruktosa, dan sebagainya) untuk suplai oksigen. Beberapa produk pada tahap fermentasi ini adalah: karbon dioksida, etil alkohol, dan aroma. Kandungan alkohol yang semakin tinggi akan mematikan khamir. Jika khamir telah mengakhiri maka khamir ini akan terendapkan di dasar fermentor.
Khamir yang berbeda akan memberikan proses yang berbeda sehingga kita kenal khamir wine, khamir bir, dan khamir roti.